가맹점주는 원칙적으로 1년에 1월1일 ~ 6월30일 실적을 7월25일, 7월1일 ~ 12월31일 실적을 익년 1월25일까지 부가가치세를 신고 ․ 납부해야 한다.

만약에, 7월1일 ~ 9월30일 까지 실적을 10월25일에 먼저 예정신고한 자영업자는 10월1일 ~ 12월31일 까지의 실적을 부가가치세 신고 ․ 납부하면 된다.

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부가가치세 신고시 매출 ․ 매입 항목을 보면,

매출은 고객으로부터 받은 카드매출, 현금 지급한 고객에게 발행한 현금영수증매출, 매출세금계산서, 부가가치세가 붙지 않은 면세품을 판매시는 매출계산서, 순수한 현금매출 등을 빠짐없이 기재해서 신고 해야한다.

매출신고를 할때 자영업자는 두가지를 유념해야 한다.

우선 고객으로부터 외상판매를 하더라도 부가가치세 매출신고를 해야 한다.

대금을 수령한 것만 매출신고를 하게 되면, 외상판매한 것에 대하여 세금계산서합계표제출불성실가산세, 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 등을 추가해야 하기 때문이다.

부가가치세는 자영업자가 고객에게 받아서 납부하는 세금인데, 비록 외상판매를 하고, 부가가치세를 받지 않아도 세금을 내야 한다.

개인사업자인 자영업자가 카드매출이나 현금영수증매출 신고시 일반과세자는 매출액의 1.3%을, 음식업 간이과세자는 2.6%을 부가가치세 낼 금액에서 공제를 해 준다.

다만, 법인사업자에게는 이러한 혜택 없다.

예를들면, 일반과세자인 프랜차이즈 가맹점주가 2007년 7월1일 ~ 12월31일까지의 카드와 현금영수증매출이 1억이면, 130만원(1억원 × 1.3%)을 부가가치세 낼 금액에 공제된다.

만약에 1월달에 부가가치세 낼 금액이 80만원이면 80만원만 공제하고 50만원의 금액은 소멸한다. 이런 공제를 받기 위해서는 납세자가 신고서상에 기재해야만 공제가 된다.

몰라서 혹은 실수로 신청을 하지 못했다면 수정신고하면 공제 가능하다.